Inde Life Science: Hvad Er En Ontologi?

{h1}

Virtuelle biblioteker kan hjælpe biomedicinske forskere med at dele stadig voksende viden, foreslår national institutes of health.

Biomedicinske forskere står over for et voksende problem i at forsøge at styre deres viden. Som forskere i forskellige discipliner - eller endda bare i forskellige laboratorieopgaver og udveksling af information - samler de forskellige slags data og fortolker termer på forskellige måder, nogle gange uden at indse det.

For at gøre det lettere for biologer at forstå data og dele, hvad de ved, finansierer National Institutes of Health videnskabsfolk til at opbygge virtuelle biblioteker kaldet ontologier. Disse organiserer biologisk viden ved hjælp af et universelt sprog.

Problemet med for meget data

Forestil dig at du er en biolog, der arbejder på, siger hjernefunktion hos kyllinger. Før du starter dit første eksperiment, vil du finde ud af, hvilken forskning der er gjort på kyllinghjerne.

Først søger du den videnskabelige litteratur - alle de journalartikler, der er blevet offentliggjort i dit område af interesse. Så tackler du databaserne.

Men selv når du parrer resultaterne, kan du muligvis ikke fortolke eller sammenligne dem. Din database søgning kan trække op diagrammer fra to undersøgelser med kolonner mærket "næb længde." Tallene kunne i gennemsnit, i millimeter, i centimeter, om kyllinger eller roosters, noget. Hvis du ikke ved, hvad tallene repræsenterer, er dataene meningsløse for dig.

Plus, hvad du kalder en kylling, er måske ikke, hvad en anden forsker kalder en kylling. Dette er et voldsomt problem i genforskning, hvor forskellige forskere kalder de samme DNA-segmenter med forskellige navne eller bruger de samme navne til forskellige segmenter. Hvis du ikke er klar over, at Dr. Smiths data om, hvad han kalder en kylling, rent faktisk handler om, hvad du vil kalde en elefant, "kan du komme med nogle virkelig interessante men falske konklusioner", siger Karin Remington, som leder centret for Bioinformatik og Computational Biology hos National Institutes of Health.

Ontologier til undsætning

Ved at etablere et sæt officielle udtryk tillader ontologier biologer på tværs af laboratorier, specialiteter og lande at dele et fælles ordforråd. Ontology Web Language, et populært valg, giver hvert protein, hvert gen, hver biologisk proces, et standardnavn. Alle vil kalde den beaky, fjærede væsen, der går bok bok en "kylling", og udtrykket vil ikke blive brugt til at beskrive noget andet.

En ontologi fastlægger også, hvad biologer ved om de objekter, de studerer. For eksempel en kylling:

  • Er et husdyr anvendt til mad.
  • Læg æg hvis kvindelig.
  • Kan ikke flyve lange afstande.

På samme måde kan et bestemt gen mærkes som "gør proteiner, der styrker cellevæggen" eller "placeret på kromosom 2."

En anden fordel er, at ontologier organiserer udtryk for, hvordan objekter og begreber vedrører hinanden. Ontologer kan skildre disse foreninger som et træ, et rutediagram eller den indlejrede mappestruktur på din computer. Disse billeder gør det lettere at forstå, at en kylling er en slags fugl, og cerebellum er en del af hjernen.

Udfordringer fremad

Som ontologer kriserer al denne videnskabelige viden til ryddelige kategorier, skal de klare store forhindringer. For eksempel er forskere ikke altid enige om terminologi. De har heller ikke nødvendigvis den samme mening om et proteins funktion eller forbindelserne mellem bestemte gener og menneskelige sygdomme. Disse roller er ikke altid klare, især i opdagelsen. Faktisk er samfundsøkonomiens sociologi - hvordan man får samfund til at udvikle og blive enige om standarder - et af de mest udfordrende og givende forskningsområder, siger Peter Lyster, også af NIHs Center for Bioinformatik og Computational Biology.

Der vil sandsynligvis aldrig være en enkelt, ubestridt ontologi, som indeholder al videnskabelig viden. Men det er ikke målet, siger Lyster. I stedet er det at udvikle en række ontologier, der er nyttige for forskere på specialiserede områder, og som er indekseret på ét sted. Det er også at overbevise forskere over hele verden om at have disse ontologier ikke kun er nyttigt, det er vigtigt.

Lær mere:

  • National Center for Biomedicinsk Ontologi
  • Computing Life: Hvordan Computation Tools Advance Sundhed og Biologi

Denne Inside Life Science-artikel blev leveret til WordsSideKick.com i samarbejde med National Institute of General Medical Sciences, en del af National Institutes of Health.


Video Supplement: Semantic Indexing of Unstructured Documents Using Taxonomies and Ontologies.




DA.WordsSideKick.com
All Rights Reserved!
Reproduktion Af Materialer Tilladt Kun Prostanovkoy Aktivt Link Til Webstedet DA.WordsSideKick.com

© 2005–2019 DA.WordsSideKick.com